La partie piscicole est souvent, en conditions tempérées, le compartiment le plus rentable de votre système aquaponique (sous réserve de transformation pour certains cas). En contexte tropical, la tendance est complètement inversée en raison des difficultés, dans la plupart des cas, à s’approvisionner en végétaux et de la facilité à trouver du poisson marin issu de la pêche locale sur le marché.
Le choix de votre espèce impactera directement votre dimensionnement, vos équipements, votre temps de travail et votre rentabilité. De nombreux paramètres doivent guider votre choix à commencer par : le marché, l’approvisionnement en alevins, la technicité de l’espèce, les risques sanitaires et cadre administratif, les paramètres de(s) l’eau(x) disponible(s) sur votre site et vos préférences… tout simplement.

Le marché
Produire une espèce pour laquelle il n’y a pas de marché (existant ou à développer) ne présente aucun intérêt. Etonnamment en France, les projets aquaponiques proposant de la carpe fleurissent… pourtant il n’y a que dans l’Est de la France que ce poisson est consommé et où on retrouve un marché existant mais peu accessible. En échappant à la logique de marché existant, ces projets s’ajoutent un défi marketing important qui sera chronophage et coûteux (souvent sous-estimé). De la même manière, produire du tilapia dans un contexte insulaire où du poisson de pêche de qualité est disponible et abordable n’est pas la meilleure idée sauf si on parvient à différencier le produit par de la transformation ou une mise sur le marché différenciante (recettes atypiques, nom commercial, etc.)
L’approvisionnement
Les poissons sont les principaux consommateurs des intrants majeurs d’un système aquaponique : l’aliment et l’électricité. Il est essentiel d’opter pour une espèce qui présente un approvisionnement facile et régulier. Par exemple, s’orienter vers une production de truites arc-en-ciel en France métropolitaine est un choix avisé en termes d’approvisionnement : des aliments spécifiques à l’espèce et au circuit fermé (voir notre article sur l’aliment pour plus d’infos : https://bioponi.com/2021/10/27/produire-son-aliment-en-aquaponie/, issus de nombreux fournisseurs peuvent être mis en concurrence et plusieurs écloseries ou piscicultures seront capables de vous approvisionner en alevins de qualité (attention à la classe sanitaire, vaccination, type de lots (triploïde, unisexe, etc.) et à la biosécurité). Nous vous recommandons, si cela est possible, de vous rapprocher d’un pisciculteur produisant votre espèce cible pour mieux appréhender ses enjeux et les bonnes pratiques.
Il faudra veiller à absolument sécuriser votre approvisionnement en œufs, en alevins ou en juvéniles une fois votre rétroplanning de production réalisés. Or, votre plan de production va dépendre directement de la capacité que vous aurez à obtenir des poissons au stade que vous voulez et à la période de l’année qui vous intéresse. Il est donc primordial d’être certain que les sources d’approvisionnement seront en adéquation avec le plan de production.
Risques sanitaires et cadre administratif
Un des risques sanitaires majeur sur un élevage aquaponique est l’entrée des lots. En effet, un circuit fermé correctement dimensionné et équipé présentera une biosécurité élevée, néanmoins il est très sensible à une entrée de pathogène, surtout du fait de la faible capacité de traitement en aval d’une contamination de l’élevage par un virus, une bactérie etc.
Il convient donc de bien sélectionner ses fournisseurs d’œufs, d’alevins ou de juvéniles en fonction de leurs pratiques sanitaires et de leur classement/agrément sanitaire. Si votre projet se situe en zone indemne, il sera impossible d’y introduire des poissons issus d’une pisciculture en classe 2 ou 3. Il existe un plan national d’éradication qui vise à passer l’ensemble de nos sites aquacoles en classe 1 européenne. Afin de s’assurer que notre filière naissante puisse se pérenniser et accélérer son développement, il est fondamental de s’orienter vers ce plan et des espèces maitrisables, autorisées et à très faible risque sanitaire.
Les paramètres de l’eau
Évidemment chaque espèce de poisson a un optimum de confort et de bien-être que ce soit en termes de salinité, de température, de renouvellement d’eau, d’aliment ou encore de densité d’élevage. Avant de vous lancer, vous devez vous assurer que le respect des conditions optimales d’élevage n’impliquera pas trop de dépenses. Par exemple, produire de la crevette en circuit recirculé peut s’avérer énergivore et coûteux sous nos latitudes : il faut impérativement chauffer l’eau et avoir une solution pour en réguler sa salinité.
Vos préférences
Pour chacun des points évoqués précédemment, vos préférences vont entrer dans la balance :
Je souhaite m’orienter vers un poisson végétarien dont l’alimentation impactera moins les ressources marines.
Je fais le choix d’une faible ou forte densité d’élevage.
Je préfère chauffer mon eau pour privilégier le bien-être de mon poisson ou je préfère économiser l’énergie.
Ces préférences doivent être impérativement posées avant même de dimensionner votre projet ; d’une orientation à l’autre c’est tout le système qui sera revu.
Exemples de poissons utilisés en aquaponie
Liste non exhaustive par ordre alphabétique :
Barramundi – Lates calcarifer

Le barramundi, Lates calcarifer, est un poisson catadrome (adapté aux eaux douces, marines et estuariennes). Son aire de répartition s’étend de la portion Est du golfe persique, jusqu’au Sud du Japon en passant par le Nord de l’Australie. Il s’agit d’un poisson potentiellement complexe à élever mais dont la chair est très appréciée des consommateurs. Son élevage nécessitera l’obtention d’un permis d’introduction (en France et dans les DOM TOM).
Sa croissance très rapide et sa chair facile à lever en filets en font un poisson de choix pour la restauration. Son seuil de tolérance thermique se trouve entre 15 et 28°C avec un optimum de croissance aux alentours de 26°C.
Cependant, le barramundi est poisson très agressif envers ses congénères (surtout lorsque des individus des deux sexes sont présents dans l’élevage). Il s’agit d’une espèce hermaphrodite protandre (le plus souvent mâle au départ et peut devenir femelle une fois plus gros). Pour limiter leur agressivité, il est intéressant de conserver un cheptel unisexué mâle. Le plus simple est de maintenir les individus avec une faible concentration de testostérone dans leur alimentation.
Esturgeon Baeri – Acipenser Baeri

Mesurant de 0,5 à 1,5 m en captivité pour un poids allant jusqu’à 30 kg. Ce poisson est originaire de Sibérie où il peut atteindre une taille de 3 mètres à l’état sauvage. C’est l’espèce la plus répandue dans les élevages d’Europe.
En France, c’est à partir de cette espèce principalement qu’est produit le caviar d’Aquitaine.
Les baeri femelles atteignent leur maturité sexuelle en 7 ans en élevage contre le double en milieu naturel. Très paisible de nature, l’esturgeon peut s’élever à des densités dépassant les 90 kg/m³. Il accepte des eaux chargées et préfère une très faible luminosité.
La consommation de la chair d’esturgeon se limite principalement à la Charente et la Gironde, avec des poissons vendus le plus souvent entiers ou en filets. L’esturgeon étant un poisson cartilagineux, il est dépourvu d’arêtes et d’écailles, ce qui rend sa préparation culinaire facile. Sa chair étant neutre, elle se prête à toutes formes de recettes (rillettes, marinades, blanquettes, fish & chips). La majeure partie de la chair d’esturgeon est commercialisée dans les réseaux de restauration collective.
Les femelles esturgeons, quant à elles présentent un intérêt supplémentaire une fois matures puisqu’elles fournissent un caviar à grain fin et recherché.
Le sexage est effectué lorsque les individus approchent des 2 kg, moment où une distinction peut être effectuée par écographie ou biopsie.
Sandre – Sander lucioperca

Le Sandre est une espèce de plus en plus maîtrisée au niveau zootechnique, possédant une croissance importante et dont les qualités gustatives sont reconnues et appréciées.
Le Sandre (Sander lucioperca), est un poisson carnassier d’eau douce (besoins protéiques importants), élevé principalement de manière extensive en étang. Néanmoins, son élevage en circuit fermé s’est très fortement développé au cours des dernières années sur le territoire français notamment grâce à un meilleur approvisionnement en alevins. Ce qui explique également l’expansion de sa production au niveau mondial mais qui reste encore inferieure à 1 500 T/an (principalement produit au Danemark, en Tunisie et en Ukraine).
Il s’agit d’une espèce complexe à maitriser car facilement stressée et surtout avec un comportement agressif si les densités ne sont pas importantes (minimum 20 à 30 kg/m³). Pour autant il est grégaire et peut supporter des densités d’élevage jusqu’à 80 kg/m³ en circuit fermé.
La température optimale de croissance du sandre se situe autour des 27 à 28°C, mais on obtient de très bons rendements de croissance dès 23°C avec un indice de conversion (IC) proche de 1 (1 kg d’aliment pour produire 1 kg de sandre).
Le sandre se commercialise le plus souvent entier plein ou éviscéré à partir de 2 kg. Sa chair blanche et ferme permet d’en tirer de beaux filets, convoités par les restaurateurs.
Saumon de fontaine – Salvelinus fontinalis

Le Saumon de fontaine, Salvelinus fontinalis, est une espèce d’omble, provenant d’Amérique du Nord. Elle fût largement introduite en Europe au milieu du XXème siècle. En pisciculture, le saumon de fontaine est souvent complémentaire à des truites arc-en-ciel et peut le cas échéant être associé à des truites Fario.
En effet, les deux espèces possèdent sensiblement les mêmes exigences en termes d’élevage et étant plus fragile aux attaques fongiques et variations de paramètres que les truites ; le saumon de fontaine fait alors office de bio-indicateur quant à la santé générale du cheptel.
La production peut être orientée vers différents débouchés en fonction du stade de développement des individus. Ils peuvent être commercialisés à la taille dite portion (250 g – 350 g) et à la taille royale (800 g). En effet, la croissance du saumon de fontaine stagne assez vite une fois les 800 g atteints.
Tilapia – Oreochromis niloticus

Le tilapia est un poisson très adapté aux conditions tropicales. Deux espèces principales sont élevées Oreochromis niloticus et Oreochromis mossambicus. Il s’agit d’un poisson plus facile à élever que le barramundi.
Oreochromis niloticus communément appelé tilapia du Nil se rencontre préférentiellement dans les eaux peu profondes des pays tropicaux. Le seuil de tolérance pour ce poisson s’étend de 12 °C à 42 °C (des températures inférieures ou supérieures lui sont létales) et son optimum de croissance se trouve à 28°C. Il s’agit de l’espèce la plus utilisée en aquaculture notamment pour sa capacité d’adaptation face aux changements de paramètres environnementaux, ainsi que pour son cycle de commercialisation rapide. En effet, à partir de juvéniles de 10 à 20 g, des individus de 350 à 400 g peuvent être obtenus en l’espace de 6 mois. Une densité d’élevage de 60 kg/m3 est couramment utilisée pour le Tilapia mais sa zone de confort s’étend jusqu’à 120 kg/m³.
Par ailleurs, de bons rendements de production ne sont réalisables que sur un cheptel unisexué mâle. En effet, leur croissance est quasi deux fois plus rapide que celle des femelles. Au-delà de la différence de croissance, la présence des femelles mène à la reproduction non contrôlée, à un recrutement excessif de juvéniles, à une concurrence plus importante pour la nourriture et au blocage de la croissance naturelle du stock. Ce dernier peut alors dans certains cas ne pas atteindre la taille marchande.
Afin d’obtenir un cheptel composé entièrement de mâles, un tri manuel peut être effectué ou une étape de réversion sexuelle. Ceci est possible car le tilapia devient sexuellement différencié quelques jours après la résorption du sac vitellin. Ainsi, une femelle recevant une hormone sexuelle mâle (17 α méthyltestostérone MT) rajoutée dans son alimentation, se développe en tant que mâle au niveau phénotypique. Néanmoins, ce protocole doit être réalisé au plus tôt, sur des alevins compris entre 3 et 12 mm.
Truite arc-en-ciel – Onchorhynchus mykiss

La truite arc-en-ciel (TAEC), Onchorhynchus mykiss, est une espèce originaire d’Amérique du Nord, introduite dans les eaux de tous les continents pour la pêche sportive à la ligne et les activités aquacoles.
La production était en forte expansion en 1950 à la suite du développement de l’aliment sec formulé. Il s’agit d’un poisson hardi qui présente une croissance relativement rapide lorsque les paramètres optimums de l’élevage sont maintenus. La densité d’élevage de cette espèce peut atteindre 80 kg/m³ plus particulièrement en raceways.
La température de croissance optimale est située entre 15 et 18 degrés.
La production de cette espèce peut être orientée vers différents débouchés en fonction du stade de développement des individus. Ils peuvent être commercialisés à la taille dite portion (250 g – 350 g), à la taille royale (800 g) et à de très grandes tailles (> 2 kg). Ensuite, les formats de conditionnement pour la commercialisation sont :
- Entiers éviscérés (- 25 à 30 % par rapport à la biomasse brute)
- Filets frais (- 45 à 50 % par rapport à la biomasse brute)
- Filets fumés (- 55 à 60 % par rapport à la biomasse brute)
Par ailleurs, pour simplifier la gestion d’un élevage de truites arc-en-ciel, il est vivement recommandé de travailler avec des individus triploïdes. En effet, ces derniers sont dotés de 3 jeux de chromosomes au lieu de 2. Il ne s’agit en aucun cas d’individus génétiquement modifiés et cela fait depuis plus d’une vingtaine d’années que la triploïdisation est pratiquée en écloserie (la majeure partie des truites commercialisées en France sont triploïdes). Le fait qu’elles soient dotées de 3 jeux de chromosomes les rend stériles. Ceci est intéressant pour de nombreuses raisons dont voici les principales :
- L’énergie investie en temps normal dans le système reproducteur est convertie en prise de masse. Les individus triploïdes ont donc une croissance plus rapide que les diploïdes.
- Les élevages dotés de truites triploïdes connaissent des croissances de lots beaucoup plus uniformes. En effet, le phénomène de « mâles dominants » est considérablement amoindri. Ce phénomène se caractérise par des prises alimentaires beaucoup plus fréquentes chez ces individus et par extension leur prise de masse plus rapide. La disparité de masse au sein d’un lot s’en trouve donc accrue. Ceci rend la gestion du cheptel beaucoup plus complexe à gérer et les lots doivent être manipulés plus fréquemment pour maintenir une uniformité massique.
- En période de reproduction, les « individus dominants » diploïdes deviennent beaucoup plus agressifs et les attaques augmentent considérablement. Des blessures en résultent le plus souvent, ce qui entraîne inévitablement des maladies très contagieuses (e.g. furonculose, saprolégniose). La mortalité augmente tandis que l’aspect de la chair s’en trouve impacté.
- Les individus diploïdes connaissent par ailleurs en période de reproduction, des pics d’hormones qui peuvent nettement amoindrir la qualité de la chair, voire la détériorer. A contrario, la qualité de la chair de truites triploïdes reste constante sur l’année ce qui constitue un avantage indéniable.
- Les individus triploïdes ont un système immunitaire renforcé, ce qui permet de limiter les pertes.
Truite fario – Salmo trutta

La truite fario (TF), Salmo trutta est une espèce de salmonidés dont l’élevage est moins répandu que celui de la truite arc-en-ciel, néanmoins elle est fréquemment élevée en circuit ouvert. Sa chair un peu plus dense que celle de la truite arc-en-ciel est fortement appréciée par les restaurateurs et connaisseurs, mais sa croissance en élevage est moins rapide que celle de la truite arc-en-ciel. La fario peut se commercialiser à la taille portion, royale et TG (Très Grosse > 2 Kg).
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